La Facultad de Ciencias Económicas fue creada por Resolución de Consejo Universitario el 14 de febrero de 1949, bajo el nombre de "Escuela Superior de Ciencias Económicas y Comerciales", dependiente de la Facultad de Derecho. Sin embargo, por falta de reglamento y plan de estudios, recién el 10 de abril de 1950 inauguró sus actividades académicas. Fue su primer Director el Licenciado en Derecho Alfredo Cuadros.

La estructura administrativa de la Facultad de Ciencias Económicas, está conformada por el Honorable Consejo Facultativo como máximo órgano de gobierno de la Facultad, el Decano como Autoridad ejecutora, colaborado en la administración por la Secretaria Administraría y la Secretaría de Decanato.

A nivel de Direcciones, dependen del Decano: el Director Académico, el Coordinador del Proyecto de Mejoramiento de la Carrera de Economía (PROMEC), el Director del Instituto de Estudios Sociales y Económicos (IESE) y los Directores de la Carrera de Auditoria, Administración de Empresas y Economía.